Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 1/7/2026 tới đây mang đến những thay đổi quan trọng về cơ chế áp dụng APA.
Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 (Luật Quản lý thuế số 108) có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 tới đây mang đến những thay đổi quan trọng về cơ chế áp dụng APA, đặc biệt là quy định về cơ sở dữ liệu và thời điểm hiệu lực APA.
Luật Quản lý thuế số 108 đã mang đến những cập nhật quan trọng về nguồn dữ liệu trong áp dụng cơ chế APA. Theo đó, việc áp dụng cơ chế APA phải dựa trên thông tin của người nộp thuế, cơ sở dữ liệu sử dụng trong quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Đáng lưu ý, cơ sở dữ liệu thương mại được công nhận là nguồn dữ liệu sử dụng trong quản lý thuế, cùng với cơ sở dữ liệu trong quản lý thuế và thông tin dữ liệu công bố công khai trên thị trường.
Trước đây, theo quy định tại Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 (“Luật Quản lý thuế số 38”), cơ sở dữ liệu thương mại được quy định phải đảm bảo điều kiện “có sự kiểm chứng bảo đảm tính pháp lý”. Tuy nhiên, các cấp Nghị định, Thông tư đều không có hướng dẫn chi tiết về tiêu chí đáp ứng yêu cầu kiểm chứng tính pháp lý của cơ sở dữ liệu thương mại nêu trên. Vì vậy, các doanh nghiệp cũng như cơ quan quản lý thuế chưa có có đủ căn cứ pháp lý trong quá trình áp dụng cơ chế APA.
Với Luật Quản lý thuế số 108, yêu cầu về “có sự kiểm chứng bảo đảm tính pháp lý” của cơ sở dữ liệu thương mại được bãi bỏ, chính thức ghi nhận cơ sở dữ liệu thương mại là nguồn dữ liệu hợp lệ phục vụ việc xây dựng và đàm phán APA. Quy định này phù hợp đối với yêu cầu minh bạch về nguồn dữ liệu sử dụng cho phân tích so sánh, tuân theo các hướng dẫn quốc tế (Hướng dẫn OECD, BEPS) và thực tiễn áp dụng tại các quốc gia, từ đó tạo sự tương thích về nguồn dữ liệu áp dụng trong các hồ sơ APA.
Với sự thay đổi mang tính bước ngoặt và thực chất này, cộng đồng doanh nghiệp kỳ vọng sẽ tháo gỡ các vướng mắc pháp lý kéo dài trong đàm phán APA, qua đó đẩy nhanh tiến độ trao đổi và đàm phán các hồ sơ APA giữa các cơ quan thuế.
Luật Quản lý thuế số 38 đề cập về hiệu lực APA được xác lập trước khi người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế. Luật Quản lý thuế số 108 đã nêu rõ hiệu lực APA được áp dụng cho kỳ tính thuế mà trong kỳ tính thuế đó APA được ký kết hoặc từ năm liền kề sau năm ký kết căn cứ theo nội dung được cơ quan thuế và người nộp thuế thống nhất trong thỏa thuận. Điều này làm tránh phát sinh những cách hiểu đa chiều, đảm bảo tính đồng bộ trong quá trình thực thi giữa cơ quan quản lý và doanh nghiệp.
Tuy nhiên, có hai vấn đề nảy sinh trên thực tiễn như sau. Một là, trong trường hợp người nộp thuế đề nghị áp dụng APA cho giai đoạn ba năm, ví dụ năm X, X+1 và X+2, nhưng APA chỉ được ký kết trong năm X+1 sau khi hoàn tất quá trình đàm phán, thì theo quy định hiện hành, năm X+1 và X+2 sẽ thuộc phạm vi hiệu lực APA theo thỏa thuận. Câu hỏi còn bỏ ngỏ là liệu năm X – năm đầu tiên thuộc giai đoạn đề nghị áp dụng APA ban đầu của người nộp thuế – có được chấp nhận áp dụng APA hay không, đặc biệt trong bối cảnh quy định mới đã giới hạn hiệu lực APA gắn với thời điểm ký kết hoặc năm liền kề sau năm ký kết.
Hai là, các năm trước giai đoạn đề nghị áp dụng APA (ví dụ từ năm X−1 trở về trước) thì có được phép hồi tố để áp dụng không và được hồi tố trong bao nhiêu năm. Do đó, vấn đề về hiệu lực cho thấy nhu cầu cần có hướng dẫn chi tiết hơn ở cấp Nghị định hoặc Thông tư nhằm đảm bảo tính nhất quán trong áp dụng và nâng cao mức độ chắc chắn về thuế cho doanh nghiệp trong quá trình triển khai cơ chế APA.
Liên quan đến hai vấn đề trên, Việt Nam có thể nghiên cứu và tham khảo thêm thông lệ quốc tế. Đối với các năm trong Hồ sơ đề nghị áp dụng APA, hầu hết các quốc gia trong khu vực như Singapore, Indonesia, Malaysia, Philippines, Thái Lan, Nhật Bản, Hàn Quốc… đều cho phép người nộp thuế đề nghị áp dụng APA với giai đoạn 5 năm, dài hơn so với giai đoạn 3 năm như hiện nay tại Việt Nam.
Ngoài ra, khi thỏa thuận APA được ký kết (giả sử tại năm X+3), toàn bộ giai đoạn 5 năm đề nghị áp dụng APA từ năm X đến năm X+5 sẽ có hiệu lực, không phụ thuộc vào thời điểm hoàn tất đàm phán.
Ngoài ra, một quy định cũng cần được nghiên cứu và dành sự quan tâm là cơ chế áp dụng “hồi tố (roll-back) APA”. “Hồi tố APA” được hiểu là việc áp dụng kết quả đã thống nhất trong APA cho các năm tính thuế đã kê khai trước đó nhưng không thuộc phạm vi giai đoạn đề nghị áp dụng của hồ sơ APA (tức là từ năm X−1 trở về trước).
Mặc dù cơ chế áp dụng hồi tố APA hiện chưa được quy định cụ thể trong hệ thống văn bản quy phạm pháp luật tại Việt Nam, nhưng đây đã là một thông lệ phổ biến tại nhiều quốc gia có hệ thống quản lý thuế phát triển như Mỹ, Nhật Bản, Hàn Quốc, Trung Quốc, Singapore và các nước châu Âu.
Cụ thể, theo Hành động 14 BEPS (Dự án chống xói mòn cơ sở tính thuế và chuyển lợi nhuận), Mục A – Ngăn ngừa tranh chấp hướng dẫn đề cập: “Các quốc gia áp dụng APA song phương được khuyến khích cho phép áp dụng hồi tố APA trong những trường hợp phù hợp, với điều kiện tuân thủ các giới hạn về thời gian áp dụng (ví dụ: thời hiệu truy thu thuế), khi các điều kiện và hoàn cảnh của các năm tính thuế trước đó là tương tự, và phải được cơ quan thuế kiểm tra, xác minh”.
Việc triển khai cơ chế hồi tố theo chuẩn mực quốc tế không chỉ giúp nâng cao uy tín quốc tế cho cơ quan thuế Việt Nam mà còn là giải pháp tối ưu để ngăn ngừa, giảm thiểu các tranh chấp về giao dịch liên kết. Quan trọng hơn, sự ổn định và tính dự báo về thuế trong dài hạn là một trong những "kim chỉ nam" thu hút các tập đoàn đa quốc gia đầu tư, từ đó mở rộng quy mô kinh doanh và đóng góp bền vững cho ngân sách nhà nước.
Trước những thay đổi của Luật Quản lý thuế số 108, doanh nghiệp nên chủ động lập kế hoạch và rà soát chiến lược áp dụng APA ngay từ thời điểm này. Việc xác định sớm tính khả thi và lộ trình APA để xây dựng chiến lược phù hợp, hiệu quả; chuẩn bị hồ sơ và các bước trong tiến trình đề nghị áp dụng APA là những bước đi then chốt, đảm bảo tính minh bạch và khả năng đàm phán thành công APA.
