VCCI đề nghị bổ sung quy định chuyển tiếp và làm rõ trách nhiệm của bên bán, bên mua trong giao dịch hàng hóa tại khu phi thuế quan nhằm hạn chế rủi ro truy thu thuế, xử phạt và bảo đảm thống nhất trong quá trình thực thi chính sách thuế giá trị gia tăng.
Việc sửa đổi, bổ sung các quy định hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng đang được kỳ vọng tháo gỡ một số vướng mắc trong quá trình thực hiện chính sách thuế, qua đó hỗ trợ hoạt động sản xuất, kinh doanh và xuất khẩu của doanh nghiệp.
Góp ý Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 359/2025/NĐ-CP và Nghị định số 144/2026/NĐ-CP (Dự thảo), Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) nhất trí với sự cần thiết ban hành Nghị định, đồng thời đánh giá cao nỗ lực của Bộ Tài chính trong việc khẩn trương xây dựng dự thảo nhằm kịp thời thực hiện chỉ đạo của lãnh đạo Chính phủ.
Theo VCCI, các nội dung sửa đổi tại Dự thảo có ý nghĩa tích cực đối với cộng đồng doanh nghiệp, góp phần khuyến khích đầu tư vào chế biến sâu, nâng cao giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất trong nước, đồng thời cải thiện dòng tiền và năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp xuất khẩu.
Tuy nhiên, để chính sách phát huy hiệu quả ngay khi có hiệu lực, VCCI cho rằng cần tiếp tục hoàn thiện một số quy định liên quan đến quá trình thực thi, đặc biệt là xử lý các giao dịch đã phát sinh trước thời điểm Nghị định mới có hiệu lực.
Một trong những vấn đề được VCCI lưu ý là quy định về hiệu lực thi hành và điều khoản chuyển tiếp tại Điều 2 Dự thảo.
Cụ thể, khoản 1 Điều 2 quy định Nghị định có hiệu lực kể từ ngày ký ban hành, nhưng chưa có quy định xử lý đối với các giao dịch phát sinh trong khoảng thời gian trước đó. Trong khi Nghị định số 144/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 20/6/2026, doanh nghiệp đã phát sinh hóa đơn, tờ khai và hàng tồn kho liên quan đến các mặt hàng thuộc Phụ lục II.
Đáng chú ý, ghi chú tại Phụ lục của Dự thảo yêu cầu tra cứu mã hàng theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và Biểu thuế có hiệu lực tại thời điểm phát sinh tờ khai. Điều này đồng nghĩa với việc hàng hóa đã làm thủ tục hải quan trước ngày Nghị định mới có hiệu lực vẫn có thể phải áp dụng theo danh mục cũ.
Theo VCCI, nếu không có quy định chuyển tiếp cụ thể, cơ quan thuế và cơ quan hải quan tại các địa phương có thể đưa ra cách xử lý khác nhau đối với cùng một tình huống. Những vấn đề như điều chỉnh hóa đơn đã lập, kỳ khai bổ sung, xử phạt vi phạm hành chính hay tính tiền chậm nộp đều có thể trở thành nguồn phát sinh tranh chấp giữa doanh nghiệp và cơ quan quản lý.
Điều này không chỉ làm tăng chi phí tuân thủ mà còn ảnh hưởng đến tính thống nhất trong thực thi chính sách. Đặc biệt, khi mục tiêu của việc sửa đổi là tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp, việc thiếu cơ chế xử lý đối với các giao dịch đã phát sinh có thể khiến hiệu quả chính sách bị hạn chế.
Từ đó, VCCI đề nghị bổ sung quy định chuyển tiếp theo hướng cho phép hàng hóa thuộc các mã hàng được đưa ra khỏi Phụ lục II, có thời điểm xác định thuế giá trị gia tăng từ ngày 20/6/2026 đến trước ngày Nghị định mới có hiệu lực, được áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định.
Đồng thời, doanh nghiệp được điều chỉnh hóa đơn, khai bổ sung hồ sơ khai thuế và không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế, không bị tính tiền chậm nộp đối với khoản chênh lệch phát sinh từ việc điều chỉnh này.
VCCI cũng đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn việc điều chỉnh hóa đơn, khai bổ sung và giải quyết hồ sơ hoàn thuế trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày Nghị định có hiệu lực.
Bên cạnh vấn đề chuyển tiếp, VCCI cũng chỉ ra bất cập liên quan đến hồ sơ áp dụng thuế suất 0% đối với hàng hóa bán vào khu phi thuế quan.
Theo đó, việc sửa đổi Phụ lục II tại Dự thảo sẽ mở rộng số lượng mã hàng được áp dụng thuế suất 0% khi bán vào khu phi thuế quan. Tuy nhiên, điểm b khoản 1 Điều 17 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định hàng hóa phải được tiêu dùng trong khu phi thuế quan và phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu.
Trong khi đó, khoản 1 Điều 18 của Nghị định hiện chỉ yêu cầu hồ sơ gồm hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và tờ khai hải quan, chưa quy định cụ thể tài liệu để bên bán chứng minh mục đích sử dụng hàng hóa của bên mua.
VCCI cho rằng quy định này chưa tính đến đặc thù của giao dịch giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp trong khu phi thuế quan. Trên thực tế, bên bán không có khả năng kiểm soát toàn bộ quá trình sử dụng hàng hóa sau khi giao cho bên mua.
Theo phản ánh của doanh nghiệp, đã có trường hợp doanh nghiệp chế xuất bán lại một phần hàng hóa vào thị trường nội địa. Trong tình huống này, bên bán có nguy cơ bị truy thu thuế và xử phạt do hàng hóa không được sử dụng đúng mục đích, dù việc sử dụng sau khi giao hàng nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ.
Rủi ro trên khiến doanh nghiệp có tâm lý e ngại khi ký kết hợp đồng dài hạn với khách hàng trong khu phi thuế quan, đặc biệt đối với những giao dịch có giá trị lớn hoặc nguồn cung ổn định. Điều này có thể làm giảm tác dụng của việc mở rộng danh mục hàng hóa được hưởng thuế suất 0%.
Để khắc phục, VCCI đề nghị bổ sung yêu cầu về văn bản cam kết của tổ chức trong khu phi thuế quan đối với việc sử dụng hàng hóa phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu.
Theo đề xuất, tổ chức trong khu phi thuế quan phải chịu trách nhiệm về nội dung cam kết, đồng thời thực hiện kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định nếu sử dụng hàng hóa không đúng mục đích đã cam kết.
Ở chiều ngược lại, cơ sở kinh doanh bán hàng hóa có đầy đủ hồ sơ theo quy định sẽ không bị truy thu thuế, xử phạt do hành vi sử dụng hàng hóa sai mục đích của bên mua.
