Doanh nghiệp có nhiều khúc mắc với ưu đãi thuế
Đặc biệt trong việc áp dụng ưu đãi thuế Thu nhập doanh nghiệp lĩnh vực khoa học công nghệ đối với các sản phẩm mới bổ sung.
Tuy chính sách ưu đãi thuế dành cho lĩnh vực khoa học công nghệ (KH&CN) và công nghệ số được đánh giá là đặc biệt cởi mở, các doanh nghiệp đang phải đối mặt với nhiều khúc mắc và điểm nghẽn pháp lý quan trọng, đặc biệt trong việc áp dụng ưu đãi thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các sản phẩm mới bổ sung. Tình trạng này đang gây khó khăn lớn cho các đơn vị đã được chứng nhận KH&CN nhưng tiếp tục đổi mới và mở rộng hoạt động.
Các khúc mắc này đã được thảo luận đa chiều tại hội nghị “Đối thoại Doanh nghiệp doanh nghiệp - Chính quyền Thành phố - Chuyên đề: Gặp gỡ, đối thoại và giải đáp khó khăn, vướng mắc của doanh nghiệp trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh về lĩnh vực khoa học và công nghệ” ngày 10/10/2025.
Những điểm chưa rõ
Luật Thuế TNDN số 67, có hiệu lực từ ngày 01 tháng 10 năm 2025, mang đến thông điệp tích cực cho các doanh nghiệp sản xuất phần mềm và công nghệ cao. Theo đó, các doanh nghiệp mới thành lập trong lĩnh vực sản xuất phần mềm sẽ được hưởng thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm, cùng với chế độ miễn thuế tối đa 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong tối đa 9 năm tiếp theo. Đây được coi là động thái tích cực thúc đẩy doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo và doanh nghiệp số.
Tuy nhiên, hiện tại đang sự không đồng bộ giữa Luật Thuế và các văn bản hướng dẫn ngành. Đại diện Công ty cổ phần Khoa học Công nghệ Việt Nam đã nêu lên băn khoăn về quy định trong dự thảo nghị định hướng dẫn Luật KH&CN mới. Dự thảo này có đề cập rằng doanh nghiệp, khi có sản phẩm mới được cấp bổ sung vào giấy chứng nhận KH&CN, sẽ tiếp tục được hưởng mức thời gian miễn thuế TNDN như lần đầu cấp mới, tính từ thời gian được bổ sung.
Vấn đề cốt lõi là sự khác biệt giữa "sản phẩm mới" và "dự án mới" chưa được phân định rõ ràng. Ông Nguyễn Duy Khiêm – Phó Trưởng phòng Nghiệp vụ – Dự toán – Pháp chế Thuế Thành phố Hồ Chí Minh – cho biết Luật Thuế TNDN hiện hành chỉ có quy định ưu đãi tiếp tục đối với "dự án mới" hoặc "đầu tư mở rộng", mà không đề cập rõ ràng đến "sản phẩm mới". Do đó, các doanh nghiệp đã hưởng hết ưu đãi (ví dụ: 4 năm miễn, 9 năm giảm) và muốn bổ sung sản phẩm mới đang rất lúng túng không biết mức ưu đãi sẽ được tính trên thu nhập của sản phẩm mới đó, trên toàn bộ sản phẩm KH&CN, hay trên thu nhập của toàn công ty (bao gồm cả lĩnh vực khác).
Theo đại diện Cục Thuế, doanh nghiệp hiện phải chờ đợi Bộ Tài chính xây dựng và trình Chính phủ ban hành nghị định hướng dẫn Luật Thuế TNDN để khớp nối với nghị định của Luật KH&CN, tránh vướng mắc trong thực tiễn.
Trong khi chờ đợi, Phòng Quản lý Công nghệ Sở Khoa học và Công nghệ TP HCM đã làm rõ cách tính tạm thời dựa trên Nghị định 13/2019 và Thông tư 03/2021. Cụ thể, sản phẩm mới bổ sung vào giấy chứng nhận phải được tách bạch và tổ chức thành một dự án mới. Ưu đãi thuế chỉ được tính trên phần thu nhập của dự án mới/sản phẩm mới đó, chứ không phải trên tổng doanh thu. Hơn nữa, doanh thu từ dự án mới này phải đạt trên 30% tổng doanh thu của doanh nghiệp thì mới được hưởng ưu đãi.
Gánh nặng thủ tục
Bên cạnh vướng mắc về chính sách, doanh nghiệp còn bày tỏ sự khó khăn trong quá trình thực thi. Công ty cổ phần công nghệ Titan phản ánh rằng cán bộ tại một số cơ quan thuế chưa hiểu hết đặc thù ngành nghề của doanh nghiệp phần mềm khi tư vấn về thuế. Cục Thuế đã ghi nhận ý kiến này và giải thích rằng đây là hệ quả của quá trình chuyển đổi mô hình và thay đổi nhân sự trong ngành thuế. Để đảm bảo tính chính xác, Cục Thuế khuyến nghị doanh nghiệp gửi văn bản chính thức tới cơ quan thuế để nhận được câu trả lời rõ ràng hơn.
Một khúc mắc khác liên quan đến thủ tục là doanh nghiệp cho rằng thiếu bộ hướng dẫn hoàn chỉnh. Công ty cổ phần Khu công nghiệp Hiệp Phước đề nghị cần có một bộ hồ sơ hướng dẫn đầy đủ, chi tiết từng bước và điều kiện (ví dụ, doanh nghiệp đạt 3 trên 5 điều kiện thì có hướng dẫn hoàn thiện 2 điều kiện còn lại hay không), cùng với danh mục hồ sơ và thời gian xử lý cụ thể cho thủ tục đăng ký doanh nghiệp công nghệ cao. Đại diện Sở Khoa học và Công nghệ cho biết thủ tục này mới được phân cấp về cấp địa phương, và đang chờ Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố ủy quyền cho Sở xử lý, do đó, chưa thể công bố hướng dẫn chi tiết và rộng rãi.
Đặc biệt, đại diện Công ty cổ phần điện tử DGS, một doanh nghiệp tại Khu Công nghệ cao, đã chia sẻ về nỗi "ám ảnh" mang tên báo cáo. Doanh nghiệp phải đối mặt với quy trình báo cáo hằng tháng, quý, 6 tháng và hằng năm. Người đại diện này thắc mắc về sự cần thiết của các báo cáo thường xuyên này và chỉ ra sự mâu thuẫn giữa chủ trương chuyển đổi xanh với việc phải in ấn khối lượng lớn giấy tờ để báo cáo, và tha thiết đề nghị các nhà quản lý giảm bớt các yêu cầu báo cáo để doanh nghiệp có thêm thời gian tập trung vào kinh doanh.
Về phía cá nhân, Luật Khoa học Công nghệ và Đổi mới sáng tạo mới (Luật số 93/2025/QH15) cũng đưa ra chính sách miễn giảm thuế đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công do thực hiện nhiệm vụ KH&CN và đổi mới sáng tạo, đặc biệt là thu nhập từ quyền tác giả/sở hữu trí tuệ khi kết quả nhiệm vụ được thương mại hóa. Phía cơ quan thuế xác nhận rằng việc sửa đổi Luật Thuế thu nhập cá nhân đang được dự thảo để đưa quy định miễn thuế cho bản quyền tác giả và đổi mới sáng tạo vào luật mới, thúc đẩy các cá nhân trực tiếp nghiên cứu và sáng tạo sản phẩm KH&CN.
Kết luận buổi đối thoại, bà Cao Thị Phi Vân – Phó Giám đốc Trung tâm Xúc tiến Thương mại và Đầu tư – cho biết, các khúc mắc chưa được giải đáp thỏa đáng sẽ được đơn vị trả lời sau bằng văn bản. Bà Vân cũng kêu gọi các doanh nghiệp tích cực đối thoại với chính quyền thông qua cổng thông tin đối thoại của thành phố. “Chúng tôi hy vọng sẽ gặp lại các anh chị không chỉ trong những buổi đối thoại tháo gỡ khó khăn, mà còn trong những buổi góp ý về chính sách, pháp luật và các hoạt động xúc tiến thương mại khác”, bà Vân nói.