Hoàn thuế GTGT đang có sự cải cách mạnh mẽ hướng tới minh bạch và quản lý rủi ro. Nhưng cân bằng giữa kiểm soát gian lận và khơi dòng tiền cho doanh nghiệp vẫn còn nhiều thách thức.
Việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) có ý nghĩa quan trọng đối với doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp quy mô lớn khi khoản thuế được hoàn có thể chiếm tỷ trọng đáng kể trong dòng tiền và ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng thanh khoản.
Cải cách hoàn thuế GTGT
Về bản chất, hoàn thuế GTGT là việc Nhà nước hoàn trả cho doanh nghiệp phần thuế GTGT đầu vào mà doanh nghiệp đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ nhưng chưa được khấu trừ trong kỳ tính thuế, hoặc thuộc trường hợp không phải chịu thuế, từ đó được hoàn lại theo quy định.
Chính vì vậy, chính sách hoàn thuế hiện nay được thiết kế theo mục tiêu kép: vừa tối đa hóa thuận lợi cho các doanh nghiệp tuân thủ tốt, vừa thiết lập các cơ chế kiểm soát đủ mạnh để ngăn chặn gian lận, bảo vệ kỷ cương ngân sách nhà nước.
Thực tiễn giai đoạn 2023-2025 cho thấy ngành Thuế đã có bước chuyển đáng kể trong cách tiếp cận quản lý, đặc biệt là việc ứng dụng công nghệ và mô hình quản lý rủi ro thay cho phương thức kiểm soát đại trà trước đây. Theo số liệu tổng hợp từ Tổng cục Thuế, trong toàn bộ giai đoạn này, cơ quan thuế đã tiếp nhận trên 72.000 hồ sơ hoàn thuế GTGT, trong đó khoảng 56.000 hồ sơ đã được giải quyết, với tổng số tiền hoàn vượt 458.000 tỷ đồng.
Đại diện cơ quan Thuế cho biết một trong những thay đổi mang tính chiến lược là việc áp dụng cơ chế phân loại hồ sơ theo mức độ rủi ro. Thay vì kiểm tra toàn bộ hồ sơ như trước, hệ thống hiện nay phân tách rõ hai nhóm: nhóm rủi ro thấp được ưu tiên giải quyết nhanh và nhóm rủi ro cao phải kiểm tra chặt chẽ trước khi hoàn.
Theo TS Bùi Thị Mến, Trưởng Bộ môn Thuế và Tài chính Công, Khoa Tài chính, Học viện Ngân hàng, thực tế cũng cho thấy các hành vi gian lận hoàn thuế ngày càng tinh vi và có hệ thống, khai thác trực tiếp vào các kẽ hở trong quy trình xác minh. Phổ biến nhất là mô hình doanh nghiệp “ma”, các pháp nhân được thành lập không có vốn thực, không hoạt động sản xuất kinh doanh, chỉ nhằm mục đích mua bán hóa đơn. Các doanh nghiệp này thường liên kết thành chuỗi, tạo ra các giao dịch giả xuyên địa bàn để hợp thức hóa dòng hàng hóa và dịch vụ không có thật.
Bên cạnh đó, một số ngành có đặc thù chuỗi cung ứng dài và khó kiểm soát như logistics, xây dựng hay phân phối hàng hóa đang trở thành điểm nóng của các hành vi cài cắm hóa đơn không minh bạch.
Một vấn đề đáng chú ý khác là độ trễ của dữ liệu quản lý. Trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp đối tác vẫn hiển thị trạng thái hoạt động bình thường tại thời điểm giao dịch, nhưng ngay sau đó lại giải thể hoặc “biến mất”, khiến doanh nghiệp mua hàng dù giao dịch hợp pháp vẫn có thể đối mặt với rủi ro pháp lý khi thực hiện hoàn thuế. Điều này cho thấy việc chỉ dựa vào kiểm tra hồ sơ tại một thời điểm là chưa đủ, mà cần một hệ thống giám sát động và liên tục.
“Trước những thách thức đó, định hướng chính sách đang chuyển mạnh sang phòng ngừa chủ động thông qua minh bạch hóa dòng tiền và nâng cao khả năng định danh doanh nghiệp.
Song song với đó, hóa đơn điện tử đang đóng vai trò trụ cột trong quá trình hiện đại hóa quản lý thuế. Không chỉ đơn thuần thay đổi định dạng, hệ thống này cho phép giám sát dữ liệu theo thời gian thực, phát hiện ngay các biến động bất thường về doanh thu hoặc tần suất xuất hóa đơn. Khi kết hợp với cơ chế chia sẻ dữ liệu tập trung thông qua Cổng dịch vụ công quốc gia, cơ quan Thuế và Công an có thể nhanh chóng xác minh các hồ sơ rủi ro cao, vừa đảm bảo tính bảo mật vừa tối ưu hóa tốc độ xử lý.
Đặc biệt, sự phối hợp ở cấp địa phương giữa chi cục thuế và cơ quan công an đóng vai trò then chốt, bởi đây là cấp trực tiếp nắm bắt biến động thực tế của các doanh nghiệp trên địa bàn”, TS Bùi Thị Mến cho biết.
Đồng bộ từ hai phía
Tuy nhiên về phía doanh nghiệp, có ý kiến cho rằng vẫn có tình trạng tồn đọng lớn trong việc hoàn thuế, gây khó khăn cho nhiều tập đoàn, doanh nghiệp vừa và nhỏ, thậm chí cả hộ kinh doanh. Ông Nguyễn Văn Thân, Chủ tịch Hiệp hội Doanh nghiệp nhỏ và vừa Việt Nam từng chia sẻ có những đơn vị sản xuất vì lý do không được hoàn thuế nên không trả được nợ ngân hàng, dẫn đến không được vay vốn tiếp và phải đình chỉ sản xuất.
Vì vậy, để quá trình hoàn thuế GTGT diễn ra nhanh và thuận lợi, cần có sự phối hợp từ cả cơ quan thuế và doanh nghiệp. Luật sư Nguyễn Nhật Dương, Công ty Luật TNHH HM&P đề xuất: Về phía cơ quan thuế, cần xác định rõ nguyên nhân chênh lệch giữa số liệu kế toán và tờ khai, dựa trên giải trình hợp lý của doanh nghiệp thay vì máy móc xử lý.
Đồng thời, nên phân loại các hóa đơn có rủi ro để yêu cầu giải trình có trọng tâm, tránh gây gánh nặng khi doanh nghiệp phải giải trình toàn bộ. Khi xem xét hồ sơ, cần cân nhắc các trường hợp doanh nghiệp giao dịch ngay tình, tập trung vào bản chất giao dịch thay vì chỉ dựa vào tình trạng của bên bán. Ngoài ra, với vấn đề thuế suất, cơ quan thuế nên chủ động thống nhất cách xác định và hỗ trợ xử lý khi doanh nghiệp áp dụng chưa chính xác, thay vì để doanh nghiệp chịu rủi ro chậm hoặc không được hoàn thuế.
Về phía doanh nghiệp, cần chủ động rà soát, đảm bảo tính nhất quán giữa số liệu kế toán và kê khai thuế; lưu trữ đầy đủ chứng từ chứng minh giao dịch thực tế; đồng thời thận trọng khi lựa chọn đối tác để hạn chế rủi ro về hóa đơn. Bên cạnh đó, doanh nghiệp nên tham vấn chuyên gia hoặc cơ quan thuế trong quá trình kê khai để có hướng xử lý phù hợp, tránh nguy cơ bị chậm hoặc không được hoàn thuế.
Từ câu chuyện hoàn thuế GTGT đến công tác quản lý thuế nói chung, các chuyên gia cho rằng ở góc độ chính sách, để nâng cao hiệu quả quản lý và tăng tính răn đe, cần tiếp tục hoàn thiện khung pháp lý, đặc biệt là việc bổ sung định nghĩa rõ ràng trong Bộ luật Hình sự đối với hành vi thành lập doanh nghiệp “ma”.
Đồng thời, mức xử phạt hành chính và hình sự đối với hành vi mua bán hóa đơn cần được điều chỉnh theo hướng đủ mạnh để thay đổi hành vi, chuyển từ đối phó sang tự nguyện tuân thủ. Bên cạnh đó, việc đầu tư xây dựng hệ thống dữ liệu quốc gia về doanh nghiệp với yêu cầu “đúng, đủ, sạch, sống” là nền tảng không thể thiếu để phục vụ công tác xác minh liên ngành.
Cũng liên quan đến hoàn thuế, hiện nay, Bộ Tài chính đang xây dựng Dự thảo Thông tư quy định về hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa của người nước ngoài và người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh, nhằm phù hợp với hệ thống pháp luật thuế mới có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, đồng thời tạo thuận lợi hơn cho doanh nghiệp bán lẻ và du khách. Trong quá trình hoàn thiện, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã kêu gọi cộng đồng doanh nghiệp và các hiệp hội tham gia góp ý, thể hiện cách tiếp cận minh bạch, có sự tham gia của nhiều bên liên quan trong xây dựng chính sách.
Việc ban hành Thông tư mới là cần thiết trong bối cảnh các quy định pháp luật thuế đã có sự thay đổi căn bản. Các văn bản cũ như Thông tư 72/2014 và Thông tư 92/2019 không còn phù hợp, trong khi Nghị định 181/2025/NĐ-CP mới chỉ quy định những nội dung cơ bản về hồ sơ, thủ tục và mức hoàn thuế, nhưng chưa làm rõ nhiều vấn đề quan trọng như tiêu chí lựa chọn doanh nghiệp bán hàng hoàn thuế, ngân hàng đại lý hay cơ chế triển khai tại sân bay, cảng biển quốc tế. Điều này đã tạo ra những “điểm nghẽn” khiến cơ quan quản lý và doanh nghiệp gặp khó khăn trong thực tế, thậm chí thiếu cơ sở pháp lý để mở rộng hoặc điều chỉnh hệ thống hoàn thuế.
Dự thảo Thông tư được kỳ vọng sẽ tháo gỡ những vướng mắc này, đồng thời tạo ra tác động đáng kể đối với nhóm doanh nghiệp bán lẻ như siêu thị, trung tâm thương mại và cửa hàng lưu niệm, những đơn vị phục vụ khách quốc tế. Việc tham gia chương trình hoàn thuế có thể giúp doanh nghiệp tăng doanh thu và nâng cao sức cạnh tranh, nhưng cũng đi kèm yêu cầu tuân thủ chặt chẽ quy trình, đặc biệt là trong việc sử dụng hóa đơn điện tử và kết nối dữ liệu với cơ quan quản lý.
Có thể thấy việc hoàn thuế GTGT minh bạch không chỉ là một yêu cầu kỹ thuật trong quản lý tài chính công, mà còn là cam kết của Nhà nước trong việc đồng hành cùng doanh nghiệp. Việc siết chặt kỷ cương không làm chậm tiến độ hoàn thuế đối với các doanh nghiệp tuân thủ, mà ngược lại, tạo ra một cơ chế sàng lọc cần thiết, đảm bảo dòng tiền được phân bổ đúng đối tượng. Đây chính là nền tảng để xây dựng một môi trường kinh doanh công bằng, lành mạnh và bền vững trong dài hạn.
