Nhiều ý kiến phản ánh việc thủ tục tiền kiểm gia tăng mạnh, thời gian thẩm định kéo dài và quy trình kiểm tra nhiều tầng nấc đang tạo áp lực lớn cho cả cơ quan quản lý lẫn doanh nghiệp thực phẩm.
Sáng 6/2/2026, tại Hà Nội, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã tổ chức Hội thảo “Tháo gỡ vướng mắc trong thực hiện chính sách pháp luật mới về an toàn thực phẩm” với sự tham gia của đại diện các cơ quan quản lý nhà nước, hội – hiệp hội ngành hàng, doanh nghiệp lĩnh vực nông, lâm, thủy sản, cùng các chuyên gia.

Phát biểu khai mạc Hội thảo, ông Đậu Anh Tuấn, Phó Tổng Thư ký, Trưởng Ban Pháp chế VCCI cho biết, Nghị định số 46/2026/NĐ-CP ngày 26/01/2026 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật An toàn thực phẩm và Nghị quyết số 66.13/2026/NQ-CP ngày 27/01/2026 về công bố, đăng ký sản phẩm thực phẩm được ban hành với mục tiêu hoàn thiện khuôn khổ pháp lý, tăng cường hiệu lực quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm, đồng thời bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng và thúc đẩy hoạt động sản xuất, kinh doanh thực phẩm theo hướng bền vững.

Tuy nhiên, theo ông Tuấn, quá trình triển khai các quy định này trên thực tế đang phát sinh không ít vướng mắc do một số nội dung chưa được hướng dẫn đầy đủ, thiếu thống nhất, đặc biệt liên quan đến thủ tục kiểm tra, chứng nhận an toàn thực phẩm và phân định trách nhiệm giữa các cơ quan quản lý. Những bất cập này đã khiến thời gian xử lý hồ sơ kéo dài, chi phí tuân thủ gia tăng, ảnh hưởng trực tiếp đến lưu thông, tiêu thụ và thông quan hàng hóa của doanh nghiệp.
Trên cơ sở đó, Hội thảo được tổ chức nhằm tạo diễn đàn trao đổi, làm rõ các khó khăn, bất cập trong quá trình thực thi Luật An toàn thực phẩm, qua đó đề xuất các giải pháp hoàn thiện cơ chế, chính sách, góp phần xây dựng môi trường sản xuất, kinh doanh thuận lợi hơn nhưng vẫn bảo đảm yêu cầu an toàn thực phẩm. Các ý kiến tại Hội thảo được kỳ vọng sẽ là cơ sở quan trọng phục vụ quá trình sửa đổi Luật An toàn thực phẩm trong thời gian tới.
Đưa ra những phân tích sâu sắc về tác động của Nghị định 46 và Nghị quyết 66 đối với cộng đồng doanh nghiệp, ông Phạm Ngọc Thạch, Phó Trưởng ban Pháp chế VCCI cho biết, các quy định mới đang tạo ra một "làn sóng" thay đổi mạnh mẽ, chuyển dịch từ cơ chế hậu kiểm sang tiền kiểm khắt khe hơn. Điểm đáng lưu ý nhất là sự bùng nổ về khối lượng hồ sơ đăng ký theo Nghị quyết 66 với 74 nội dung chi tiết (tăng 500% so với trước đây), khiến thời gian thẩm định bị kéo dài kỷ lục lên đến 90 ngày.
Quy trình kiểm tra nhà nước đối với hàng nhập khẩu cũng phức tạp hơn khi tăng lên 3 cấp, yêu cầu doanh nghiệp phải thực hiện kiểm nghiệm tại các cơ sở do cơ quan nhà nước chỉ định thay vì chấp nhận kết quả từ nước ngoài như trước.

Bên cạnh áp lực về giấy tờ, Nghị định 46 còn buộc doanh nghiệp phải thiết lập hệ thống dữ liệu số hóa để kết nối trực tiếp với cơ quan quản lý nhằm truy xuất nguồn gốc. Đại diện VCCI nhấn mạnh, việc siết chặt các điều kiện như yêu cầu chứng chỉ HACCP, ISO, GMP cho cả nhà sản xuất nước ngoài và việc bãi bỏ các quy định miễn kiểm tra đối với nguyên liệu sản xuất nội bộ sẽ tạo ra rào cản lớn về chi phí và thời gian. Với việc toàn bộ giấy phép hiện tại sẽ hết hạn sau 12-24 tháng và các hồ sơ đang thẩm định có nguy cơ bị hủy bỏ, doanh nghiệp đang đứng trước rủi ro bị đình trệ sản xuất, kinh doanh. VCCI cảnh báo nếu không có lộ trình thích ứng kịp thời, quy trình đưa sản phẩm mới ra thị trường có thể bị chậm lại từ 2-3 năm, gây ảnh hưởng trực tiếp đến năng lực cạnh tranh và xuất khẩu của ngành thực phẩm Việt Nam.
Chia sẻ tại Hội thảo, bà Lý Kim Chi, Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Thực phẩm TP.HCM (FFA), nhận định Nghị định 46 và Nghị quyết 66 dù hướng tới mục tiêu bảo đảm an toàn thực phẩm nhưng cách tiếp cận và thiết kế chính sách còn nhiều bất cập, thiếu thời gian chuyển tiếp và làm gia tăng mạnh thủ tục tiền kiểm, vượt quá năng lực thực thi của địa phương.
Theo bà Chi, khối lượng kiểm tra theo Nghị định 46 có thể tăng gấp 10–20 lần so với Nghị định 15 (từ kiểm 5% hồ sơ lên kiểm 100% hồ sơ; quy trình kiểm nghiệm kéo dài ít nhất 7 ngày), trong khi mô hình quản lý chuyển từ 2 cấp lên 3 cấp, khiến thời gian xử lý và chi phí tuân thủ của doanh nghiệp tăng cao.

Tương tự, Nghị quyết 66 làm thủ tục đăng ký bản công bố sản phẩm phức tạp hơn khi nội dung hồ sơ tăng tới 957% (từ 6 mục, 7 nội dung lên 9 mục, 74 nội dung) và thời gian thẩm định tăng hơn 11 lần (từ 7 ngày lên 90 ngày). Trước thực tế đó, FFA kiến nghị cần chuyển mạnh sang quản lý rủi ro, tăng hậu kiểm thực chất, thay vì dàn trải tiền kiểm, đồng thời rà soát, sửa đổi căn cơ Nghị định 46 và Nghị quyết 66 thay vì chỉ gia hạn đến 15/4/2026 và sớm xây dựng Luật An toàn thực phẩm sửa đổi cùng hệ thống văn bản hướng dẫn đồng bộ, ổn định để vừa bảo đảm an toàn thực phẩm vừa giữ môi trường kinh doanh minh bạch, dự báo được.
Đại diện Ban Thực phẩm và Đồ uống của AmCham Việt Nam nhấn mạnh tình trạng chậm trễ thông quan do chưa chỉ định rõ cơ quan kiểm tra nhà nước, quy trình kiểm tra nhiều tầng nấc, yêu cầu công bố hợp quy và kiểm tra an toàn thực phẩm đối với nguyên liệu nhập khẩu phục vụ sản xuất nội bộ, cũng như việc buộc doanh nghiệp phải cung cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP chưa phù hợp thông lệ quốc tế.
Bên cạnh đó, việc thực thi không thống nhất giữa các địa phương và thời gian chuyển tiếp ngắn theo Nghị quyết 66 được cho là làm gia tăng chi phí tuân thủ, gián đoạn chuỗi cung ứng và tiềm ẩn nguy cơ doanh nghiệp phải dừng hoạt động. Trên cơ sở đó, đại diện AmCham kiến nghị gia hạn thời gian chuyển tiếp, đơn giản hóa thủ tục kiểm tra, công nhận các chứng nhận quốc tế thay thế giấy phép trong nước và sớm có chỉ đạo thống nhất để tháo gỡ điểm nghẽn, bảo đảm hài hòa mục tiêu quản lý an toàn thực phẩm với yêu cầu tạo thuận lợi cho thương mại và đầu tư.

Đặc biệt, đại diện AmCham và Eurocham cùng bày tỏ lo ngại về áp lực “đăng ký lại” toàn bộ sản phẩm trong vòng 12-24 tháng. Với thời gian thẩm định bị kéo dài và khối lượng hồ sơ tăng gấp 5 lần, các cơ quan quản lý được dự báo sẽ rơi vào tình trạng quá tải trầm trọng. Hệ quả là các sản phẩm thực phẩm bảo vệ sức khỏe và thực phẩm bổ sung có thể bị "quét" khỏi kệ hàng do không kịp gia hạn giấy phép. Các hiệp hội khẩn thiết kiến nghị Chính phủ cần kéo dài lộ trình chuyển tiếp, đồng thời bãi bỏ các quy định trái với thông lệ quốc tế để bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng và duy trì sự ổn định của thị trường thực phẩm Việt Nam.