Ông Phan Văn Khải là người đảm nhận cương vị người đứng đầu Chính phủ trong gần 9 năm (1997-2006). Dấu ấn quan trọng nhất của Chính phủ giai đoạn này là sự ra đời của Luật Doanh nghiệp 1999 - được cho là bước tiến làm thay đổi đất nước: xóa bỏ những rào cản đối với quyền tự do kinh doanh của người dân, mở đường cho khu vực doanh nghiệp tư nhân tìm được chỗ đứng xứng đáng trong nền kinh tế.Luật Doanh nghiệp được sửa đổi năm 2005, và gần đây nhất là năm 2014, tiếp tục tinh thần “cởi trói” cho doanh nghiệp, xóa thêm nhiều giấy phép con, giảm bớt nhiều thủ tục, tạo sân chơi ngày càng bình đẳng cho các thành phần kinh tế cạnh tranh cả trong nước và hội nhập quốc tế.

Một trong những dấu ấn lớn trong 2 nhiệm kỳ của cố Thủ tướng Phan Văn Khải là việc thúc đẩy quan hệ Việt Nam - Hoa Kỳ với chuyến công du lịch sử đến Mỹ (từ 20 đến 25/6/2005).

Là lãnh đạo cấp cao đầu tiên của nước CHXHCN Việt Nam thăm chính thức Hoa Kỳ kể từ năm 1975, Thủ tướng Phan Văn Khải khi đó đã hội kiến với Tổng thống George W. Bush, gặp gỡ đại diện chính giới và doanh nghiệp Mỹ, chuyển đến các bạn Hoa Kỳ thông điệp thúc đẩy hợp tác thương mại Việt - Mỹ.

Chuyến thăm đánh dấu 10 năm bình thường hoá quan hệ giữa hai nước, đồng thời mở ra hơn một thập kỷ tiếp theo hai quốc gia ngày càng lại gần nhau hơn trên mọi lĩnh vực kinh tế, quốc phòng, văn hoá, giáo dục, giao lưu nhân dân, đặc biệt là việc thiết lập quan hệ đối tác toàn diện ngày 25/7/2013.

14 năm trước, cố Thủ tướng Phan Văn Khải đã ký quyết định chọn ngày 13/10 làm Ngày Doanh nhân Việt Nam, mở ra một trang mới trong lịch sử kinh tế Việt Nam, khi doanh nhân được thừa nhận có một vai trò quan trọng trong sự phát triển của quốc gia.

Trong bài phát biểu từ nhiệm, cố Thủ tướng Phan Văn Khải chia sẻ: “Tôi hết sức day dứt trước tệ quan liêu, lãng phí, tham nhũng, tiêu cực, đục khoét của công. Về những vụ đục khoét của công đã phát hiện thời gian gần đây, cùng với trách nhiệm trực tiếp của chủ đầu tư, còn có khuyết điểm và trách nhiệm của Chính phủ và của cá nhân tôi là người đứng đầu. Với chức trách được giao mà không ngăn chặn, phát hiện sớm những vụ nghiêm trọng, kéo dài, tôi xin nhận lỗi, nhận trách nhiệm trước nhân dân, trước Đảng và Quốc hội. Tôi mong đồng chí kế nhiệm sẽ rút ra được bài học từ những cái được và những cái yếu kém của tôi. Tôi cũng xin phép QH cho tôi được nghỉ trong thời gian sắp tới”.

Ngày 8/12/2014, tại TP.HCM, Đảng bộ Văn phòng Chính phủ đã tổ chức trang trọng Lễ trao tặng Huy hiệu 55 tuổi Đảng cho nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải.

Nguyên Ủy viên Bộ Chính trị, Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải đã từ trần vào hồi 1h30 ngày 17/3/2018 tại quê nhà Củ Chi, TP.HCM, hưởng thọ 85 tuổi.