Sớm gỡ vướng về thủ tục hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư mới

Theo đó, tại văn bản gửi Tổ công tác Cải cách thủ tục hành chính của Thủ tướng Chính phủ; Hội đồng tư vấn Cải cách thủ tục hành chính mới đây, Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) cho biết, liên quan đến việc hoàn thuế, hiện văn bản pháp luật ra sau chưa rõ ràng so với văn bản hướng dẫn khác và chưa phù hợp với thực tế của hoạt động hoàn thuế, dẫn đến tồn đọng thuế giá trị gia tăng (GTGT) trong mua sắm tài sản cố định của dự án đầu tư mới không được hoàn.

Cụ thể, quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư đã được thực hiện từ năm 1999 đến nay. Việc quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư đã được quy định tại khoản 3 Điều 1 Luật Thuế giá trị gia tăng số 106/2016/QH13: “Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng…”

Theo đó, thuế GTGT đầu vào trong xây dựng, mua sắm tài sản cố định của các doanh nghiệp xuất khẩu để đầu tư đều được hiểu là “mới” xét theo tính chất của việc mua sắm và hoạt động sản xuất kinh doanh phát sinh từ các khoản đầu tư này.

“Tuy nhiên, một số Cục thuế đang ngưng hoàn thuế GTGT đầu vào của hoạt động đầu tư do dựa vào định nghĩa “dự án mới” theo Luật Đầu tư số 61/2020/QH14 ngày 17/6/2020.

Cụ thể khoản 6 Điều 3 Luật này quy định: “Dự án đầu tư mới là dự án đầu tư thực hiện lần đầu hoặc dự án đầu tư độc lập với dự án đầu tư đang hoạt động”. Dựa vào định nghĩa này, một số Cục thuế địa phương khẳng định không thể thực hiện hoàn thuế cho những dự án đã đi vào hoạt động và có đầu tư mới thêm vào”, VASEP chia sẻ.

Đồng thời cho hay, mặc dù doanh nghiệp chấp nhận hoàn theo tỷ lệ và theo kỳ của hoạt động xuất khẩu nhưng vẫn không được giải quyết, bởi do cách diễn giải luật mâu thuẫn giữa pháp luật về thuế và đầu tư nêu trên, khiến một số doanh nghiệp thủy sản tồn đọng nhiều chục tỷ đồng thuế GTGT đầu vào của các dự án đầu tư.

Theo VASEP, các doanh nghiệp đã kiến nghị với cơ quan thuế địa phương được hoàn theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu và theo kỳ quyết toán thuế. Với phương thức hoàn này, các doanh nghiệp sẽ thiệt thòi vì khoản hoàn sẽ được tính theo tỷ trọng của xuất khẩu trên tổng doanh thu, nhưng vì khoản tồn đọng quá lâu nên doanh nghiệp cũng chấp nhận để có thể giải phóng dòng tiền cho sản xuất kinh doanh.

Tuy nhiên, cơ quan Thuế địa phương vẫn không chấp nhận hoàn thuế vì khi khai thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp đã chọn hoàn thuế vào hạng mục đầu tư. Như thế, khoản thuế GTGT đầu vào đúng luật, hợp lý và chính đáng từ chính hoạt động đầu tư, tạo ra doanh thu và lợi nhuận hợp pháp của doanh nghiệp tiếp tục bị dừng hoàn mà chưa có giải pháp từ cơ quan Thuế.

Không chỉ có vậy, cũng theo VASEP, một số cơ quan Thuế địa phương vừa qua đã dừng hoàn thuế cho dự án mới đầu tư với lý do doanh nghiệp bắt đầu có phát sinh doanh thu với diễn giải là dự án đã hoàn tất, doanh nghiệp đã đi vào hoạt động.

Thế nhưng, theo tìm hiểu của VASEP, thì hiện nay, không có quy định pháp luật nào định nghĩa khi phát sinh doanh thu nghĩa là dự án đã hoàn tất. Bởi, thực tiễn và quy định của pháp luật thuế, một dự án đầu tư, đặc biệt là những dự án mới hoàn toàn, đều có giai đoạn cân chỉnh, hoàn thiện máy móc thiết bị, hoạt động sản xuất cho đến khi đi vào ổn định.

Dẫn khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP ngày 29/07/2022 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP, VASEP cho rằng, pháp luật về thuế không có quy định rằng thuế GTGT đầu vào của dự án sẽ ngưng hoàn khi doanh nghiệp đi vào hoạt động và hoàn toàn cho phép hoàn trong giai đoạn dự án tiếp tục hoàn thiện các hạng mục đầu tư khác nhau.

“Trong bối cảnh toàn cầu và Việt Nam đều ra sức kêu gọi đầu tư để tăng trưởng, vượt qua nguy cơ suy thoái kinh tế, việc doanh nghiệp đầu tư nhiều trăm tỷ đồng cho các dự án sản xuất kinh doanh mới hoặc mở rộng, gia tăng sản xuất là điều nên được khuyến khích và hỗ trợ tối đa. Việc tồn đọng số lượng thuế GTGT đầu vào chưa được giải quyết hoàn do vướng trong diễn giải, vận dụng luật chưa được thống nhất giữa các hệ thống pháp luật và giữa các cơ quan thuế địa phương khác nhau đã và đang gây áp lực lớn về dòng tiền và gánh nặng lãi suất cho các doanh nghiệp”, VASEP bày tỏ.

Đồng thời, kiến nghị, Bộ Tài chính sớm xem xét, ban hành văn bản hướng dẫn thống nhất về hoàn thuế GTGT cho các trường hợp đã nêu để các Cục Thuế địa phương nhanh chóng thực hiện hoàn thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư đang còn tồn đọng.

Được biết, ngoài vấn đề đã nêu, trước đó, tại văn bản gửi Tổ công tác Cải cách thủ tục hành chính của Thủ tướng Chính phủ; Hội đồng tư vấn Cải cách thủ tục hành chính, VASEP cũng kiến nghị xem xét, tháo gỡ các khó khăn vướng mắc tại Nghị định 37/2024/NĐ-CP và Nghị định 38/2024/NĐ-CP; Bất cập trong thủ tục cấp giấy S/C và C/C trên hệ thống truy xuất nguồn gốc điện tử (eCDT) phục vụ xuất khẩu hải sản sang EU và các nước có yêu cầu thuộc thẩm quyền của Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn;

Quan ngại về đăng ký và công bố sản phẩm, kiểm nghiệm thực phẩm, kiểm tra Nhà nước và quản lý các sản phẩm phải kiểm soát đặc biệt trong Hồ sơ đề nghị xây dựng Dự thảo Luật An toàn thực phẩm sửa đổi thuộc thẩm quyền của Bộ Y tế; Một số nội dung trong Dự thảo Luật Chất lượng sản phẩm, hàng hóa sửa đổi của Bộ Khoa học và Công nghệ;…